El grupo de Biología Molecular y Biotecnología de la UDES surgió en el año 2003 mediante la ejecución de propuestas de investigación de prioridad para la región y el País. De esta forma, se propuso fortalecer la línea de Biotecnología mediante el desarrollo mejoramiento y producción de enzimas de uso biotecnológico. En este sentido,  el año 2003 trabajamos con el Laboratorio Roger Adams de la Universidad de Illinois en un primer proyecto que fue seleccionado por Colciencias entre los tres mejores del País para ser presentado en el ICGEB. 

Posteriormente se abrieron nuevas líneas  de investigación en colaboración con la Unidad de Biotecnología y Control Biológico de la CIB en Medellín,  consistentes en el mejoramiento genético de enzimas y proteínas con actividad tóxica y biocatalítica. En este campo, contamos con proyectos financiados por Colciencias utilizando métodos de evolución dirigida como : "DNA shuffling" y "Error Prone PCR" para toxinas Cry11 y lactonosas y acilasas con propiedades biotecnológicas. En la línea de infecciosas se han hecho adelantos  en la genotipificación de Rotavirus así como, avances en la aplicación de técnicas moleculares para la identificación de Virus de Papiloma Humano (VPH). Estos estudios han permitido vincularnos con otros centros y grupos de investigación como la Red Colombiana de Virología.  También hemos llevado a cabo estudios en mutantes de las toxina Cry1Aa y el papel de los puentes de disulfuro en la formación de canales en colaboración con el laboratorio de Proteómica de la Universidad de Duke, USA. Adicionalmente,  hemos hechos estudios en la caracterización molecular de Candida  relacionada con infecciones en humanos y estamos determinando susceptibilidad genética mediante la detección de mutaciones en el gen cyp2D6 y su relación con el metabolismo de algunos fármacos.